Pengadilan Agama Kendari dibentuk berdasarkan Keputusan Menteri Agama RI Nomor 87 Tahun 1966, tentang Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah yang merupakan tindak lanjut dari PP Nomor 45 Tahun 1957 tentang Pembentukan Pengadilan Agama di Luar Jawa dan Madura dan sebagian Kalimantan Selatan.
Dengan adanya keragaman Lembaga Peradilan Agama yang dahulunya diatur dengan peraturan secararegional (awapraja)dipimpin gadhi syarak dengan kewenangan yang berbeda-beda, kemudian secara yuridis bersifat nasional yang diatur oleh pasal-pasal tertentu, maka terbitlah Keputusan Menteri Agama RI Nomor 87 Tahun 1966 tentang Pembentukan Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah. Bapak K.H. Hamzah Mappa datang dari Ujung Pandang untuk mengadakan survey di daerah Sulawesi Tenggara tepatnya di Kabupaten Kendari dan selanjutnya dibentuklah Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah Kabupaten Kendari, di bawah wilayah yuridiksi Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah Provinsi di Makassar (Ujung Pandang). Beliau jugalah yang diberi amanah menjadi ketua pertama di Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah Kabupaten Kendari sebagaimana dalam Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor AC/8/24/1938, tanggal 26 Agustus 1967.
Perkembangan dari masa ke masa Pengadilan Agama Kendari Berkantor di Jalan Ahmad Yani (1967-1979)
- Pada awal berdirinya, Pengadilan Agama Kendari disebut Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah Kabupaten Kendari. Sejak dibentuk pada tahun 1967, tidak difasilitasi gedung kantor sendiri, sering pinjam sewa dan beberapa kali berpindah tempat. Terakhir menyewa sebuah rumah milik pribadi Jafar daeng Sitobo di Tipulu Kabupaten Kendari sebagai tempat berkantor sampai bulan Maret 1977. Saat mulai bertugas, K.H. Hamzah Mappa sebagai ketua dalam melaksanakan amanah dibantu oleh beberapa orang sebagai tenaga kepaniteraan diantaranya Pangku Daeng Manessa dan Daeng Patanra. Kemudian beberapa pegawai honorer diantaranya Usman, Haryono dan Abdullah Nessa sebagai staf administrasi, serta H. Muh. Rafi, Haddad Ishak, Gani Marsan (PNS Penerangan) dan Patiha (PNS Kanwil Depag) sebagai hakim honor (hakim tidak tetap).
- Keberadaan Pengadilan Agama Kendari dapat diterima dengan baik oleh masyarakat Kendari pada umumnya namunpun seringkali aturan hukum adat didahulukan sebagaimana yang berlaku terutama pada adat masyarakat suku Tolaki, misalnya jika suatu kasus / perkara yang diajukan dengan dalil-dalil berdasar pada hukum Adat, maka yang bersangkutan diberi kesempatan untuk menyelesaikan aturan adatnya, baru kemudian diajukan kembali untuk diproses berdasar kewenangan Pengadilan Agama, sehingga hal tersebut dapat diselesaikan dengan sebaik-baiknya.
- Selanjutnya dengan terbitnya APBN melalui DIP Tahun Anggaran 1976/1977, dibangunlah sebuah Balai Sidang bertempat di Jalan Abunawas No. 16, Kelurahan Wua-Wua, Kecamatan Mandonga, Kota Kendari.
- Balai Sidang tersebut ditempati sebagai kantor pada akhir bulan Maret 1977 dengan ukuran gedung 244 M2 di atas tanah seluas 1.820 M2 milik K.H. Hamzah Mappa sendiri, yang baru mendapat pembebasan tanah seluas 1.000 M2.
- Susunan organisasi pengadilan yang digunakan didasarkan pada Keputusan Menteri Agama RI Nomor 11 Tahun 1978 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan Pengadilan Agama dan Pengadilan Tinggi Agama, seddang untuk penetapan kelas pengadilan agama berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 71 Tahun 1983 tentang Penentuan Kelas Pengadilan Agama. Perkembangan wilayah hukum Pengadilan Agama Kendari pada awal terbentuknya meliputi Kabupaten Kendari, Konawe, Konawe Selatan dan Konawe Utara. Karena perkara-perkara yang diterima berasal dari wilayah kecamatan yang sulit dijangkau pada saat itu, maka pimpinan mengambil suatu kebijakan untuk menanganinya dengan mengadakan sidang keliling yang diprioritaskan di tiga kecamatan yaitu Kecamatan Unaaha, Kecamatan Tinanggea dan Kecamatan Lainea.
- Dengan terbitnya Keputusan Ketua Mahkamah Agung RI Nomor KMA/004/SK/II/1992 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kepaniteraan Pengadilan Agama dan Pengadilan Tinggi Agama tanggal 24 Februari 1992, Pengadilan Agama/Mahkamah Syariah Kendari telah diubah penyebutannya menjadi Pengadilan Agama Kendari Kelas II A. Pelaksanaan tugas Pengadilan Agama Kendari semakin eksis dengan bertambahnya tenaga personel dan perkara-perkara yang ditangani juga semakin meningkat
- Sesuai dengan perkembangan wilayah pemerintah daerah, maka terjadilah perubahan status Kabupaten Kendari sebagai Kota Administratif yaitu dengan terbitnya UU No. 6 Tahun 1995 yang disahkan pada tanggal 3 Agustus 1995, ditingkatkan menjadi Kota Madya Daerah Tk. II Kendari. Kemudian diadakan pemekaran wilayah Tk. II yang terdiri dari dua daerah pemerintahan yaitu Kotamadya Kendari dan Kabupaten Unaaha yang secara otomatis wilayah kecamatan juga dibagi, untuk wilayah Kotamadya Kendari terdiri atas tiga wilayah kecamatan. Dengan adanya pemekaran wilayah, maka wilayah hukum Pengadilan Agama Kendari saat ini hanya meliputi Kota Kendari saja yang terdiri dari 10 kecamatan.
- Selanjutnya berdasarkan UU No. 6 Tahun 1995 tersebut yang menyusul terbitnya UU No. 3 Tahun 1995 tentang Pembentukan Pengadilan Tinggi Agama Bengkulu, Palu, Kendari dan Kupang, maka secara yuridis Pengadilan Agama Kendari telah ditingkatkan kelasnya dari kelas II A menjadi kelas I A, karena berkedudukan di ibu kota provinsi sampai sekarang, disamping itu wilayah hukum Pengadilan Tinggi Agama Ujung Pandang yang berada di Sulawesi Tenggara otomatis menjadi wilayah hukum Pengadilan Tinggi Agama Kendari. Sejak itu Pengadilan Agama Kendari berada di bawah wilayah Pengadilan Tinggi Agama Kendari.
- Dengan terbitnya DIPA Tahun Anggaran 2006, dibangunlah gedung kantor Pengadilan Agama Kendari tahap I. Maka seizin Ketua Pengadilan Agama Kendari, pada hari Senin tanggal 23 April 2007 bertepatan dengan tanggal 5 Rabiul Akhir 1428 H, gedung baru Kantor Pengadilan Agama Kendari telah ditempati dengan alamat Jalan Kapten Pierre Tendean No. 45, Kelurahan Baruga, Kecamatan Baruga, Kota Kendari, Sulawesi Tenggara.